Mathias Spahlingers Schaffen vollzieht sich im Spannungsfeld der verschiedensten musikalischen Einflüsse und Stilrichtungen: zwischen Renaissance und Jazz, zwischen musique concrète und Webernschem Minimalismus, zwischen Geräusch, Improvisation und Notation, zwischen ästhetischer Autonomie und politischem Bewusstsein tragen die Werke Spahlingers Konflikte aus, für die es so keine festgelegten Vorbilder gibt.
Spahlinger begann 1959 sich intensiv mit dem Jazz zu beschäftigen, nahm Saxophonunterricht und wollte Jazzmusiker werden. 1962 verließ er die Schule und machte eine Schriftsetzerlehre. Währenddessen nahm er privat Kompositionsunterricht bei Konrad Lechner. Nach beendeter Lehre setzte er sein Studium bei Lechner an der Akademie für Tonkunst in Darmstadt fort. 1968 wurde er Lehrer an der Stuttgarter Musikschule für Klavier, Theorie, musikalische Früherziehung und experimentelle Musik. 1973 bis 1977 studierte er Komposition bei Erhard Karkoschka an der Musikhochschule Stuttgart. 1978 wurde er Gastdozent für Musiktheorie an der Hochschule der Künste in Berlin, 1984 Professor für Komposition und Musiktheorie an der Musikhochschule Karlsruhe. Er war ab 1990 Professor für Komposition und Leiter des Instituts für Neue Musik an der Musikhochschule Freiburg. Lebt heute in Potsdam.